故事的开头如同《迷失》一样，始于一架即将出事的飞机。在迫降之后飞机上所有人都死于一种神秘的病毒，FBI以及各方调查组介入调查。但这只是故事的开始，接下来FBI的女特工奥利弗-邓哈姆(Olivia Dunham)和高智商天才彼得-毕舍普(Peter Bishop)将携手面对一系列匪夷所思的可怕现象。为了阻止危机的进一步扩展，他们将寻求彼得早已疏远的父亲的帮助。而他的父亲沃特-毕舍普博士(Dr. Walter Bishop)则一直被精神病院所收留。出院之后，三个人组成的调查小组开始对各种离奇事件进行研究。随着遇到的事情越来越棘手，沃特-毕舍普博士背后不为人知的一面也逐渐浮出水面。片中出现的一个名为巨能(Massive Dynamic)的前沿科技公司也跟沃特-毕舍普博士颇有渊源，它的创始人曾跟他同在一个实验室共事。但巨能公司的诡秘行为却不得不让人怀疑它跟一系列神秘事件脱不开关系，不过偶尔也会为奥利弗等人提供一些帮助，这让它的真正目的变得更加扑朔迷离。到底巨能公司是为了拯救人类不遗余力的正义天使还是妄图将整个地球变为自己可以为所欲为的实验室的幕后黑手？随着奥利弗等人的深入调查，真相将逐渐水落石出在利用波形装置在两个宇宙之间建立桥梁后，彼得的行为导致时间线与观察者期望的完全不同。九月阻止了他在第二季闪回剧集“彼得”中的最初选择。1985 年，沃尔特在一个宇宙和另一个宇宙之间穿越来治愈彼得，之后他不再救溺水的七岁孩子彼得。这样，一个新的时间线就形成了，角色的背景历史也被永远改变了。这座桥对平行宇宙产生了治愈作用，两个边缘团队解决了以前的分歧并开始合作。奥利维亚和（现在更加隐居和隐居）沃尔特继续探索边缘事件，但意识到彼得的记忆困扰着他们。由于他们的行为，彼得突然出现在这条时间线中，尽管他的身份最初并不为人所知，也不被信任。然而，当奥利维亚与边缘团队共度时光时，他开始获得最初时间线的记忆，尽管两人最初都担心这种影响，但还是允许它继续下去，重新发现他们以前的浪漫。在一次案件中，受伤的九月出现在奥利维亚面前，警告她她在他能看到的每一个未来都会死去，然后消失。彼得激活了一件奇怪的神器后，九月出现在了彼得面前，这件神器就像九月的归航信标一样。九月解释说其他观察者故意向他隐藏了这个宇宙，作为原始时间线改变的一部分，大卫·罗伯特·琼斯仍然活着，并且能够使用先进的变形者军队、平行宇宙版本的尼娜·夏普和他勒索的平行布罗伊尔来启动事件，在两个宇宙之间来回穿梭。他收集了大量的矿物两方岩，这使他能够建造能够合并两个宇宙的装置，从而造成灾难性的后果。边缘团队都担心一个更大的计划正在进行中，后来，当琼斯能够同时在两个宇宙中引发全球微震时，双方同意必须在两个世界被摧毁之前阻止琼斯。他们的第一个行动是禁用波形设备创建的桥，认为这可以实现同时发生的事件，但这被证明是无效的。主宇宙边缘团队继续追踪琼斯的行动，发现他受雇于仍然活着的威廉·贝尔，他试图摧毁两个宇宙，为第三个宇宙创造一个虚空，奥利维亚的皮质能力使这一事件得以发生。在僵局中，沃尔特用子弹射中了奥利维亚的头部，扰乱了贝尔的计划，当贝尔逃脱时，沃尔特帮助从奥利维亚身上取出子弹，她的皮质酮正在治愈她的身体。奥利维亚康复后，她发现自己怀上了彼得的孩子。9 月，沃尔特被告知“他们来了”，暗指 2036 年的未来，观察者已经接管了人类。
