《X档案第二季》是金·曼纳斯、罗伯·鲍曼等执导，文斯·吉里根，弗兰克·斯伯特尼，约翰·施班编剧，大卫·杜楚尼、吉莲·安德森等主演的一部科幻电视系列剧。该剧于1994年9月16日至1995年5月19日于福克斯电视台首播第二季，该剧讲述了调查局的一个部分解决超自然案件的故事。X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。 某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。 在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？本季始于X档案被终结，穆德与史卡利分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史卡利帮忙。由于演员姬莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成史卡利被外星人绑架，消失了一阵子。当然，那时候姬莲·安德森跑去医院生产了。在不断的寻找下，史卡利奇迹似的被送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的自然现象及外星人打转，结束于穆德的父亲被暗杀身亡，穆德千里迢迢到新墨西哥寻找证据。《X档案》第二季于1994年首播，共有25集。本季围绕联邦调查局特工福克斯·穆德和丹娜·斯嘉丽的调查展开，二人负责调查一系列超自然现象和未解之谜。本季引入了多个经典的案件，如“血腥玛丽”、“巨蟒”、“深海怪兽”等。其中，部分情节的灵感来自于真实事件，也增加了剧集的真实感。本季的故事情节更加紧凑，气氛更加紧张，也更加深入地揭示了穆德和斯嘉丽的背景和人物性格，如穆德的独立性和斯嘉丽的家庭历史。此外，本季也首次出现了“吸烟人”这个神秘角色，他的出现为后续的剧情发展埋下了伏笔。
