順治期，前明長平公主（獨臂神尼）為實現反清復明，利用朝廷尋訪忠臣遺孤孔四貞之機，命才智過人、武功高強的愛徒嘉三假冒遺孤，潛入宮中，伺機暗殺順治。嘉三進宮後深得孝庄皇太后的愛護，被收為義女並加封為和碩公主，深宮大內看似繁華，卻步步凶險，她幾經劫難，終憑自己的智慧和太后的庇護贏得了順治的信任。同時，在悉心照顧玄燁（康熙）的過程中，對這位未來的千古聖君產生了深厚的感情。正當她在猶豫如何殺順治之時，順治愛妃董小宛重病不治，順治“駕崩”，玄燁即位，稱康熙帝。 康熙即位，危機重重。螯拜意欲篡權逼宮，平西王吳三桂在西南蠢蠢欲動，假冒的孔四貞協助康熙鏟除螯拜，度過了難關。兩人亦逐漸深鎖情緣。大婚在即，兵權在握的封疆大吏孫延齡要挾朝廷，稱與孔四貞有指腹婚約希望履行。與此同時，康熙結交的民間志智士伍次友巧遇心儀已久的孔四貞，然而她卻是獨臂神尼隱匿的真正的孔家遺孤......紛繁的情結將如何解開？ 本劇演繹了雄居九五之尊的康熙大帝成就大業的非凡氣魄及其背後不為人知的愛情故事。《康熙情锁金殿》顺治初年，广西定南王孔有德一家惨遭杀害，惟独孔有德之女孔四贞下落不明。孝庄皇太后下令全国州府全力寻找忠良之后。独臂神尼（前明长平公主）为反清复明，利用朝廷寻访孔四贞之机，命长相与四贞相似，才智过人、武功高强的爱徒朱嘉三假冒遗孤入宫，伺机暗杀顺治。嘉三以四贞之名进宫后深得太后孝庄爱护，被收为义女并加封和硕公主，嘉三也与年幼的玄烨一见投缘。嘉三的师兄袁天放心系嘉三，不惜净身为太监入宫保护嘉三。深宫大内看似繁华，却步步凶险，宫廷斗争不断。顺治帝因董鄂妃之死，痛不欲生出家为僧，将皇位传给了聪慧过人的三阿哥玄烨。从此拉开了长达六十一年的康熙王朝统治时期的序幕。初登大宝，康熙面临重重危机：一方面鳌拜持权自重意图逼宫篡位，另一方面平西王吴三桂蠢蠢欲动。在嘉三、天放等人的帮助下，康熙终于铲除鳌拜亲掌政权。嘉三冒充孔四贞进宫后非但没有完成使命，还成了康熙最亲近的人，处处保护着他。在生死与共的岁月中，嘉三早已抛弃个人恩怨真诚地辅佐康熙，并与康熙情锁金殿。康熙获太皇准许准备娶嘉三为后，大婚在即，兵权在握的广西将军孙延龄受小人明珠指使要挟朝廷，称与孔四贞有指腹婚约希望履行，与此同时，帝师伍次友巧遇心仪已久的孔四贞，然而她却是独臂神尼藏匿的真正的孔家遗孤，使本就难解的谜团更加错综复杂。嘉三不得已同意嫁到广西，却发现自己已怀孕。独臂神尼看此情形后，只好让四贞回复原本身份，代替嘉三出嫁。康熙与太后等人觉得四贞与之前判若两人，以为是为婚约之事而改变。康熙迫于大局忍痛割爱，立索额图的侄女为皇后。四贞只身远嫁广西。皇帝大婚当晚，嘉三生下一子，皇上为其取名思道。皇上欲立嘉三之子为太子，嘉三以大局为重独自带着孩子离开了京城，又以民族大义、国泰民安之势开解师傅独臂神尼，劝师傅抛弃个人恩怨，以天下苍生为重，独臂神尼心有所动。被伍次友所救的康熙乳母之侄纳兰明珠，为求权势手段用尽，将久别重逢的妹妹纳兰慧培养成大家闺秀送入宫中希望得宠，明珠之妹虽被封为惠妃，但康熙却被蒙古格格阿秀打动，并封其为贵妃。自康熙即位初期，“削藩、治河、平定叛乱”就是其心中头等重要的三件大事。康熙日理万机，时至多年吴三桂等“三藩”仍拥兵自重，还积极拉拢皇上身边的亲信之人意图谋反；明后裔朱三太子也趁机举起“反清复明”的大旗；蒙古葛尔丹叛乱；江河洪水肆虐，灾民流离失所。最终以四贞亲手杀夫为代价平定三藩，康熙又以周培公之计全面消灭葛尔丹的余部，完成了中华民族版图的统一。经历了种种磨难之后，四贞心灰意冷将女儿喜儿托付给嘉三后遁入空门。嘉三更加明白她与皇上是永远难以走到一起的。因此她只能默默关注着皇上、关注着朝廷。四贞心力交瘁，病魔缠身，离世后，她的灵魂却飞回到到嘉三身边，依依不舍，不愿意离去。想想两人姐妹一世，情同手足，经历过那么多人世间的酸甜苦辣、悲欢离合不禁令人唏嘘不已。转眼间数十年过去了，国家在康熙的治理下天下天平、国富民强，一片盛世景象。可康熙的几位阿哥之间却为争权夺利勾心斗角，斗争不断。太子与权臣结成同党，意欲提前即位。康熙废除太子，引发夺嫡之争，八阿哥结营私党，势力过大，野心勃勃意图称储，康熙早已心知肚明，命亲信传旨不会立八阿哥为太子，并恢复了太子的身份，可太子始终难成气候，康熙再度废储心力交瘁，下令不再立太子。幸亏时时关注朝廷动态的嘉三早已将儿子邬思道培养成好谋士暗中帮助皇上，嘉三指出好皇孙可保大清三世昌盛，她命儿子思道和四贞的女儿喜儿一起辅佐四阿哥。康熙弥留之际终于再见到嘉三，并与邬思道父子相认。康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日），在位六十二年的康熙逝于畅春园，走完了他伟大辉煌的一生，也为他与嘉三的旷世之恋画上了圆满的句号。
